Xã Mỹ Thành Nam tiếp giáp xã Mỹ Thành Bắc ở phía tây bắc, tiếp giáp xã Thạnh Lộc ở phía đông bắc, tiếp giáp xã Phú Nhuận ở phía đông, tiếp giáp xã Phú An ở phía nam, tiếp giáp xã Hậu Mỹ Trinh của huyện Cái Bè ở phía tây.[3]

Các sông, kênh, rạch chảy qua địa bàn xã gồm: Kênh 9, Kênh 10, kênh Cấp 2, kênh Bà Rằng, kênh Bảy Thường, sông Bà Tồn, rạch Bưng Thôn Trang, kênh Cả Gáo,, kênh Cầu Ngang, rạch Cây Trăm, rạch Chùa, kênh Chà Là, rạch Đập Đìa Dứa, kênh Đất Làng, kênh Đường Nước, kênh Giữa, kênh Kháng Chiến, kênh Mới, kênh Một Thước, kênh Ngang, kênh Phong Trào, kênh Ranh Cái, rạch Thôn Trác, kênh 500, kênh 1 Tháng 5, kênh Ba Thước, kênh Cà Nhíp, kênh Chùa, kênh Đầu Ngàn, kênh Đìa Muồng, kênh Nguyễn Văn Tiếp, kênh Thầy Nô.[4]